Sistem elektroforesis kasusun saka rong komponen utama: Power Supply lan Electrophoresis Chamber. "Kekuwatan", ing kasus iki, yaiku listrik. Listrik sing teka saka sumber daya mili, ing siji arah, saka siji mburi kamar elektroforesis menyang liyane. Katoda lan anoda saka kamar yaiku sing narik partikel sing muatane berlawanan.
Ing njero ruangan elektroforesis, ana tray - luwih tepat, tray casting. Tray casting kasusun saka bagean ing ngisor iki: piring kaca kang dadi ing ngisor tray casting. Gel ditahan ing tray casting. "Sisir" katon kaya jenenge. Sisir diselehake ing slot ing sisih pinggir tray casting. Iki dilebokake ing slot sadurunge gel panas lan ilang diwutahake. Sawise gel ngalangi, sisir dijupuk. "Untu" saka sisir ninggalake bolongan cilik ing gel sing kita sebut "sumur." Sumur digawe nalika gel panas lan leleh ngubengi untu sisir. Sisir ditarik metu sawise gel wis adhem, ninggalake sumur. Sumur kasebut nyedhiyakake papan kanggo nyelehake partikel sing pengin dites. Wong kudu ati-ati banget supaya ora ngganggu gel nalika ngemot partikel. Cracking, utawa breaking gel kamungkinan bakal mengaruhi asil.