Elektroforesis gel bisa ditindakake kanthi orientasi horisontal utawa vertikal. Gel horisontal biasane kasusun saka matriks agarose. Ukuran pori saka gel iki gumantung ing konsentrasi komponen kimia: pori gel agarose (diameteripun 100 kanggo 500 nm) luwih gedhe lan kurang seragam dibandhingake karo acrylamide gelpores (diameteripun 10 kanggo 200 nm). Secara komparatif, molekul DNA lan RNA luwih gedhe tinimbang untaian protein linier, sing asring didenaturasi sadurunge, utawa sajrone proses iki, supaya luwih gampang dianalisis. Mangkono, molekul DNA lan RNA luwih kerep dianggo ing gel agarose (horisontal).Sistem DYCP-31DN kita minangka sistem elektroforesis horisontal. Piranti casting gel sing dibentuk iki bisa nggawe 4 ukuran gel sing beda karo tray gel sing beda.
